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L'incidente.
Scavavano nella roccia realizzando dei fori profondi che riempivano di dinamite, poi inserivano una sbarra di ferro e tappavano l’entrata del foro con della sabbia, in modo che la forza dell’esplosione si dirigesse verso il masso roccioso. Il 13 settembre 1848, Phineas aveva 25 anni e stava riempiendo un foro con polvere esplosiva e inserendo la sbarra di ferro. Improvvisamente una scintilla bruciò la polvere esplosiva e il ferrò schizzò a grandissima velocità dritto nel cranio di Gage. Entrò da sotto l'osso di sinistra della guancia e sbucò dalla parte superiore della testa, per essere poi ritrovato e recuperato a circa 30 metri dal luogo dell'incidente.

Il medico che successivamente lo assistette, John Martin Harlow, annotò che il ferro era stato trovato “parecchi metri dietro di lui, dove era stato recuperato dai suo uomini imbrattato di sangue e cervello” . Il ferro era di 1 metro e 10 cm circa di lunghezza e 3 cm di diametro ad un'estremità, mentre l’altra estremità, più smussata, misurava circa mezzo cm di diametro, e pesava più di 6 chilogrammi. Se Phineas abbia perso conoscenza non si sa, ma sorprendentemente era cosciente e in grado di camminare entro pochi minuti dall'incidente. Fu messo quindi su un veicolo e trasportato nella casa in cui alloggiava. Qui fu assistito da John Martyn Harlow, il medico locale.
Harlow gli pulì le ferite rimuovendo piccoli frammenti di ossa e cercando di fissare alcuni frammenti più grandi del cranio che erano rimasti, ma erano stati spostati dal ferro. Chiuse dunque la ferita più grande nella parte superiore della testa con delle bende adesive. Le ferite di Phineas non vennero dunque trattate chirurgicamente, ma lasciate aperte a colare nel tessuto. Non sorprende che il cervello si infettò e Gage precipitò in uno stato semicomatoso. La sua famiglia preparò la bara e il funerale, ma Phineas non aveva intenzione di morire in quel momento.